Mit dem Ausbau der S-Bahn durch das Gürbetal wurde klar, dass – früher oder später – alle Bahnhöfe mit Perrons von einer Länge von min. 190m ausgerüstet werden müssen. Ebenso verlangt das Behindertengleichstellungsgesetz den hindernisfreien Zugang zum ÖV, womit Perrons eine Höhe von 55cm aufweisen müssen (aktuell in Thurnen 30cm).

Als um 2005 konkrete Umbaumassnahmen absehbar wurden, lud die Gemeinde Mühlethurnen Einwohner und Interessierte mit einem Fragebogen zur Mitwirkung bei der Bahnhofsplatzgestaltung ein. Im Mai 2006 präsentierte die Gemeinde die Resultate. Vier Jahre später informierte die BLS anlässlich der Gemeindeversammlung im Dezember 2010 über das Projekt und kommunizierte folgenden Zeitplan:

• Januar 2011 Eingabe des Projektes an das Bundesamt für Verkehr
• Plangenehmigung erwartet für Frühling 2012
• Bauphase 2013 – 2015   (Bauzeit 2.5 Jahre)
• Dezember 2013 Inbetriebnahme der verlängerten Perrons (allenfalls provisorisch)

Nach der Planauflage im Sommer 2011 gingen diverse Einsprachen ein. Dabei standen vor allem die Verkehrssicherheit und der Holzverlad im Mittelpunkt. Die Gemeinde schuf eine Arbeitsgruppe, welche die Gestaltung des Bahnhofplatzes sowie die Verkehrsführung behandelte.

Im Sommer 2012 wurde das Umbauprojekt von der BLS gestoppt und um Jahre verschoben.